A Ilha Santa Fe possui uma das formações rochosas expostas mais antigas de Galápagos, datada de aproximadamente quatro milhões de anos — mais antiga do que os cones vulcânicos de Isabela, a oeste. Sua geologia é incomum.
Em vez de um único vulcão em escudo, a ilha é um bloco soerguido, inclinado de tal forma que sua borda nordeste mergulha nas águas abrigadas da Baía Barrington. Essa baía é a razão pela qual o snorkel na Ilha Santa Fe existe como um ponto fixo no mapa de passeios de um dia do arquipélago.
A ilha recebeu o nome da cidade espanhola de Santa Fe. Cartas inglesas a registraram como Barrington, em homenagem ao Almirante Samuel Barrington, e os dois nomes ainda coexistem em mapas e licenças. Charles Darwin nunca desembarcou aqui durante a expedição do Beagle em 1835, mas a ilha produziu duas espécies que carregam seu nome e não existem em nenhum outro lugar: a iguana terrestre de Santa Fe, Conolophus pallidus, mais pálida e com crista mais pesada que seus parentes de outros locais, e o rato-do-arroz de Santa Fe. Cabras selvagens introduzidas no século XIX devastaram a vegetação; o Parque Nacional Galápagos erradicou as últimas delas em 1971, e a endêmica Opuntia echios var. barringtonensis — um cacto que cresce como uma árvore com um tronco de mais de dez metros de altura — recuperou-se por todo o interior árido.
O que atrai os barcos hoje é o lado marinho dessa recuperação. A Baía Barrington abriga uma colônia residente de leões-marinhos de Galápagos que descansam em areia branca e baixas plataformas de lava, e a água calma e rasa dentro da baía a torna um dos poucos lugares no arquipélago onde os praticantes de snorkel compartilham espaço de forma confiável com leões-marinhos juvenis em vez de apenas observá-los de um panga. Tartarugas-verdes pastam nos bancos de ervas marinhas. Iguanas-marinhas alimentam-se de algas submersas ao longo das margens rochosas. Tubarões-de-pontas-brancas descansam nos canais arenosos; raias cruzam as águas rasas.
A ilha inteira fica dentro do Parque Nacional Galápagos, onde o acesso dos visitantes é limitado a locais designados e cada grupo viaja com um guia naturalista certificado. Ilha Santa Fe, Parque Nacional Galápagos, Equador é o endereço em cada licença, e ninguém dorme em terra — não há instalações, nem trilhas além de dois circuitos marcados, nem assentamentos. A ilha é alcançada apenas por barco a partir de Puerto Ayora em Santa Cruz, aproximadamente 20 quilômetros a noroeste.
Essa restrição é o ponto central. A Ilha Santa Fe permanece, em termos ecológicos, próxima ao que os primeiros pesquisadores encontraram, e o snorkel na Ilha Santa Fe opera como uma visita controlada a uma colônia selvagem funcional, em vez de uma atração construída para a chegada.
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